piątek, 13 grudnia 2013

"nie będę więcej publikował w Nature, Cell i Science"

 źródło:wyborcza

Ciekawy artykuł w Wyborczej. Trochę miesza się w nim kwestia pogoni za sensacją z problemem dostępu, ale warto przeczytać. Szczególnie ciekawe są nagrody fundowane przez Chińską Akademię Nauk (u mnie w instytucie, jest też taka nagroda, ale mniej więcej 23 razy mniejsza...)

"Prof. Schekman, laureat Nobla w dziedzinie fizjologii i medycyny, ogłosił bojkot znanych periodyków naukowych. Jego zdaniem, Nature, Cell i Science "zniekształcają proces naukowy"."


a tu link do oryginału w The Guardian:

Na marginesie, rekord autora ze Scopusa:
274 publikacje, h=52, cytowania=8107... nie mam pytań


michał żmihorski



środa, 11 grudnia 2013

PhD position in Prague



Ecological and evolutionary significance of convergence in bird song: male and female responses to mixed singing in hybridizing nightingales

Project background:
Vocalization is important for maintenance of reproductive barriers in many bird species. Interspecific copying of acoustic signals nevertheless frequently occurs, and its ecological and evolutionary significance is still insufficiently understood. The aim of the PhD project is to evaluate potential adaptive value of this phenomenon in our intensively studied system, the contact zone of two hybridizing sister species of nightingales (Luscinia megarhynchos and L. luscinia)1,2. In sympatry, most L. luscinia males incorporate songs of L. megarhynchos in their repertoires but not vice versa3. The student will test in field experiments the possible implications of this asymmetric song convergence: interspecific territoriality, mating preferences and hybridization. Playback experiments and bioacoustic analyses will show how males of both species respond to the mixed song in contrast to the pure species-specific song. Experiments on female preferences will test how mixed song is perceived by potential mates in both species. Detailed genomic analyses performed in parallel with this PhD project, will allow us to put field results into evolutionary context.

1 Storchová R, Reif J and Nachman MW (2010). Female heterogamety and speciation: Reduced introgression of the Z chromosome between two species of nightingales. Evolution 64(2):456-71.

2 Reifová R, Reif J, Antczak M and Nachman MW (2011). Ecological character displacement in the face of gene flow: Evidence from two species of nightingales. BMC Evolutionary Biology 11:138.

3 Vokurková J, Petrusková T, Reifová R, Kozman A, Mořkovský L, Kipper S, Weiss M, Reif J, Dolata PT, Petrusek A (2013). The causes and evolutionary consequences of mixed singing in two hybridizing songbird species (Luscinia spp.). PLoS One 8(4):e60172.



Eligibility:
We expect a motivated student with good experience in field ornithology, able (after some training) to work independently in harsh field conditions. The ideal candidate for this PhD position is interested in both ecology and evolutionary biology, and is willing to learn new methods (experience of bioacoustics is a plus). He/she must have finished the MSc. (or equivalent) by September 2014 at the latest.

Time and place:
The student will work in a young team based at the Faculty of Science, Charles University in Prague, Czech Republic. The project will be conducted in close collaboration with Freie Universität Berlin, Germany. Fieldwork will be conducted in Poland, Czech Republic and Germany. The position is available for up to four years, starting in October 2014.

Salary:
The PhD candidate’s net monthly income will start at 16.500 CZK (ca 610 EUR) in the first year, and may progressively increase with experience and achievements during the study. (Note that living expenses in the Czech Republic are generally lower than in Western European countries.)

Research team:

Tereza Petrusková (Department of Ecology, Charles University in Prague) – supervisor
Jiří Reif (Institute for Environmental Studies, Charles University in Prague) – co-supervisor

Adam Petrusek (Department of Ecology, Charles University in Prague)
Radka Reifová (Department of Zoology, Charles University in Prague)
Silke Kipper (Freie Universität Berlin)

 

How to apply:

If interested, send a motivation letter, CV, publication list, title or abstract of Master (Diploma) thesis, and contact details of 2-3 senior scientists that can provide references on you in a single PDF file to tereza.petruskova@natur.cuni.cz until January 31, 2014. Pre-selected candidates will be encouraged to submit an official application to the university.

poniedziałek, 9 grudnia 2013

Higgs vs. System


Wielu znajomych wrzuca to na facebooka, więc wrzucam i ja wraz z moją, chyba nieco inną od moich kolegów, interpretacją. Ale po kolei.

Tegoroczny noblista z fizyki, Peter Higgs, narzeka bardzo na obecny system produkowania publikacji i mówi m.in.: "Today I wouldn't get an academic job. It's as simple as that. I don't think I would be regarded as productive enough". Cały tekst w The Guardian tu:

Wiele osób komentuje te wypowiedzi w takim tonie: mamy beznadziejny system, po co te publikacje, punkty, impakty, przecież sam noblista wam mówi, że jego badania nie byłyby możliwe, gdyby nasz system, funkcjonował w roku 1964. Częściowo oczywiście trzeba przyznać rację tej krytyce i dobrze jest kiedy wszelkie przegięcia są wyciągane na światło dzienne, a niesprawność systemu jasno pokazana celem jego weryfikacji. Ale taka interpretacja jest dość naiwna i ma kilka słabych punktów:

1. Żeby wiarygodnie porównać sprawność systemu kiedyś i dziś powinniśmy wiedzieć ilu innych "Higgsów" nie odkryło swojego "bozonu" ponieważ system panujący w roku 1964 ich blokował. Wiemy, że obecnie Higgs nie miałby szans, ale czy wiemy ilu geniuszy nie miało szansy w roku 1964? Oczywiście nie! W roku 1964 także obowiązywał jakiś system, który filtrował "kandydatów na noblistę" i część z nich odrzucał. To, że Higgs nie miałby szans dziś nie jest wcale dowodem, że kiedyś było lepiej.

2. Pytanie bardziej ogólne - czy nauczeni przykładem Higgsa, powinniśmy rezygnować ze stosowanych obecnie kryteriów oceniania i filtrowania naukowców (np. publikacje) by przypadkiem nie zastopować kariery współczesnego Higgsa, który jest dziś dopiero studentem/doktorantem? Da ktoś gwarancję, że taki ruch nie przyniesie nam więcej szkody niż pożytku? Pomyślcie koleżanki i koledzy co się stanie w wyniku takiego "uwolnienia" - ocalimy "Higgsa" ale przy okazji wpuścimy tych odrobinę mniej zdolnych... Idźmy dalej - powołującym się na przykład Higgsa warto przypomnieć, że autorzy tekstu opisują go jako człowieka, który "never sent an email, browsed the internet or even made a mobile phone call". Widać więc, że poszukiwania potencjalnego noblisty powinny zatoczyć szerszy krąg - ciekaw jestem jaka lekcja dla konstruowania systemu idealnego płynie z faktu, że noblista nie korzysta z internetu?

3. Pokrzepieni wsparciem noblisty widzimy już w wyobraźni świat idealny, w którym nie ma punktów, sprawozdań, dorobku, ocen, każdy pracuje jak i ile chce, powstają jak grzyby po deszczu nowe odkrycia, przełomowe badania... To oczywista utopia, jakiś system filtracji musimy mieć z tego prostego powodu, że zasobów jest zdecydowanie za mało, by obdarować nimi wszystkich chętnych do robienia nauki (choćby skromnym wynagrodzeniem, o odczynnikach i komputerze nie wspominając). Więc panie i panowie krytykanci, stawiam pytanie - co proponujecie? Według jakiego klucza chcecie rozdawać środki - mam nadzieję, że nie każdemu według potrzeb?!

Na zakończenie - nie ma systemu idealnego i jestem pewien, że w Polsce każdego roku z nauki rezygnuje człowiek, o potencjale równym noblistom, a kilkunastu kolejnych w ogóle do nauki nie przystępuje, bo od wczesnej młodości pracują przy wyrębie lasu albo na poczcie...

michał żmihorski

piątek, 6 grudnia 2013

"Monsanto Targets the Heart of Science"

Wraca temat szczurów, GMO i artykułu, który jakiś czas temu pojawił się na blogu - Przemek Chylarecki zwrócił mi uwagę na ciekawą sytuację z wycofaniem artykułu Seralini et al. 2012. Long term toxicity of a Roundup herbicide and a Roundup-tolerant genetically modified maize. Food and Chemical Toxicology.Cały artykuł, wraz z listą komentarzy w formie Letter to the editor można znaleźć tutaj

Artykuł pokazał, że szczury karmione kukurydzą GMO i poddane bezpośredniemu oddziaływaniu Roundup'u miały wyższą zachorowalność na nowotwory. Ale wiele kwestii na poziomie analizy i interpretacji danych było niejasnych i budziło kontrowersje. Stąd też prawdopodobnie tak ostra krytyka tego artykułu. Cały jego tekst, choć z już częściowo zasłoniętymi figurami, można znaleźć tutaj.

Zastanawiająca jest decyzja i uzasadnienie redaktora naczelnego Food and Chemical Toxicology, warto przytoczyć choć częściowo list wysłany do autora omawianej pracy:

Very shortly after the publication of this article, the journal received Letters to the Editor expressing concerns about the validity of the findings it described [...] Due to the nature of the concerns raised about this paper, the Editor-in-Chief examined all aspects of the peer review process and requested permission from the corresponding author to review the raw data. [...] The corresponding author agreed and supplied all material that was requested by the Editor-in-Chief. The Editor-in-Chief wishes to acknowledge the co-operation of the corresponding author in this matter, and commends him for his commitment to the scientific process. [...] Unequivocally, the Editor-in-Chief found no evidence of fraud or intentional misrepresentation of the data. However, there is legitimate cause for concern regarding both the number of animals in each study group and the particular strain selected. The low number of animals had been identified as a cause for concern during the initial review process, but the peer-review decision ultimately weighed that the work still had merit despite this limitation. A more in-depth look at the raw data revealed that no definitive conclusions can be reached with this small sample size regarding the role of either NK603 or glyphosate in regards to overall mortality or tumor incidence. [...] Ultimately, the results presented (while not incorrect) are inconclusive, and therefore do not reach the threshold of publication for Food and Chemical Toxicology
 
Cały list tutaj, a relacja z całej akcji na blogu Retraction Watch:

W sieci pojawiło się wiele komentarzy wiążących wycofanie (mimo braku ewidentnych błędów lub przekłamań) artykuły z powodu "inconclusive results" z pojawieniem się w redakcji czasopisma człowieka o nazwisku Richard Goodman (link do redakcji), który do niedawna pracował w Monsanto... Kilka linków:

Mój komentarz (w zasadzie trzy):
1. Zgadzam się z Przemkiem, że uzasadnienie wycofania jest cienkie i zarzut "inconclusive" dwa lata po publikacji mocno pachnie jakimś przekrętem...
2. Nie rozumiem, dlaczego autorzy podłożyli się z analizą tego materiału w tak oczywisty sposób - ten cały eksperyment można w łatwy, intuicyjny sposób mocno podrasować, by wyniki były nie do ruszenia.
3. Generalnie bardzo niewiele jest (według mojej skromnej wiedzy) badań pokazujących jak np. Roundup wpływa na bioróżnorodność (w stanie dzikim) - to jest wyjątkowo ciekawy temat, będący na topie z różnych względów i bardzo dziwi mnie, że nie cieszy się on popularnością wśród biologów środowiskowych. Chętnie bym zobaczył choćby proste badania z Polski o chrząszczach, pszczołach, nornikach, ptakach z pól GMO vs control... Czy boimy się Monsanto?? ;-)

michał żmihorski

wtorek, 3 grudnia 2013

Nagroda imienia Artura Rojszczaka


Nagroda imienia Artura Rojszczaka przyznawana wyróżniającym się młodym uczonym

Klub Stypendystów Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej już po raz dziewiąty ogłasza konkurs o Nagrodę im. Artura Rojszczaka, naszego tragicznie zmarłego Kolegi, znakomitego filozofa, jednego z założycieli i głównych animatorów Klubu.

Istnieje wiele programów nagród przyznawanych za wybitne osiągnięcia naukowe. Jednakże, w czasach pościgu za sukcesem mierzonym komercyjną skutecznością aplikacji czy pozycją w indeksie cytowań na rynku literatury naukowej, pewne fundamentalne dla świata nauki wartości umykają uwadze sponsorów i nieczęsto są nagradzane. Nagroda Artura ma za szczególne zadanie promować humanistyczną postawę, szerokość horyzontów i umiejętność przekraczania ram wąskich specjalizacji naukowych - a więc te wartości, których wspaniałym uosobieniem był nasz Kolega. Intencje jakie nam przyświecały kapitalnie odczytał profesor Maciej Grabski, wieloletni prezes FNP i honorowy członek Klubu:
Nie jest to, ściśle rzecz biorąc, nagroda za osiągnięcia naukowe, bowiem zgodnie z regulaminem Laureat musi nie tylko prowadzić rzetelną działalność naukową, dydaktyczną i społeczną, ale również powinien umieć przekraczać granice swojej specjalizacji. Wzorca nie powinien więc stanowić nawet bardzo wybitny ale zaszyty nosem w swoje kajety uczony. Chodzi więc nie o promowanie “poprawności naukowej” ale o postawy aktywne, o wyróżnienie ludzi wokół których coś się dzieje, którzy potrafią swoją pasję naukową przenieść poza własne biurko czy stół laboratoryjny, a więc nie zawężających swojego pola widzenia “końskimi okularami” własnej dyscypliny. ... W naszej nauce, prześladowanej lokalnymi fundamentalizmami i totalną nieumiejętnością ogólnonaukowej dyskusji oraz brakiem autorefleksji nad samym sobą, takich postaw bardzo brakuje.

Pragniemy też, by nagroda Artura przyczyniła się do promowania Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej i jej osiągnięć. Każdy z nas dostąpił zaszczytnego wyróżnienia, jakim było przyznanie stypendium FNP. Chcemy, by cząstka tego, co sami otrzymaliśmy, przyczyniła się do wsparcia tej jedynej w swoim rodzaju instytucji działającej w Polsce.

Nagroda im. Artura Rojszczaka jest indywidualną nagrodą pieniężną (5000 zł) przyznawaną młodym doktorom, którzy obronili pracę doktorską w ciągu ostatnich pięciu lat. Kandydatów do Nagrody mają prawo zgłaszać członkowie Klubu na podstawie informacji własnych i przekazanych im przez środowisko naukowe. Termin składania wniosków przez członków Klubu upływa 31 stycznia 2014 roku. Regulamin nagrody jest dostępny na stronie internetowej Klubu (www.ksz-fnp.org). Na tej samej stronie dostępne są informacje o członkach naszego Klubu, z którymi można się kontaktować w sprawie proponowanych kandydatów, a także informacje o laureatach poprzednich konkursów.

Będziemy bardzo wdzięczni za pomoc w upowszechnieniu informacji o ustanowionej przez nas nagrodzie.

Tomasz Klimczuk - opiekun Nagrody
NagrodaArtura@ksz-fnp.org
Wydział Fizyki Technicznej i Matematyki Stosowanej
Politechniki Gdańskiej, Gdańsk, tel. (58) 348 6611

więcej info na stronie internetowej:

środa, 20 listopada 2013

Prof. Lena Kolarska-Bobińska nowym szefem MNiSW


Tutaj można poczytać o pani profesor na stronie wikipedii:
http://pl.wikipedia.org/wiki/Lena_Kolarska-Bobi%C5%84ska

Jest osobą spoza działki 'science' choć wydawałoby się, że socjologia jest nauką właśnie w tym sensie - jednak na Scopusie nie mogę znaleźć nic więcej poza profilem z tylko jedną publikacją. Ale być może na tym stanowisku nie ma to znaczenia. Nie wiem też czy powinniśmy spodziewać się zmian w funkcjonowaniu nauki po objęciu stanowiska kierownika resortu przez prof. Kolarską-Bobińską?

michał żmihorski

sobota, 9 listopada 2013

Ekspercka ocena grantów - czy nie ma zbyt dużej wagi?

Na wstępie powtórzę to co zwykle - że według mnie NCN zmienia naukę w Polsce na lepsze, pracujący tam ludzie wykonują kawał dobrej i często niewdzięcznej roboty i generalnie trzymam kciuki za Centrum. Tym bardziej więc nie mogę przejść bez komentarza nad ostatnimi publikacjami prasowymi związanymi z "aferą wrocławską". Przerażające są doniesienia prasowe dotyczące skali i sposobu działania mechanizmu przechwytywania środków na naukę. Nawet nie chodzi o miliony które już wyciekły bokiem z systemu - chodzi o to, że system jest "nieszczelny" z definicji. Ale po kolei. 
Cały tekst tutaj:

a na szybko cytaty:
"<<spółdzielnię>> tworzyć ma kilku, a może kilkunastu, najbardziej utytułowanych naukowców z dziedziny informatyki, automatyki i programowania, którzy wzajemnie wspierają się przy staraniach o pieniądze: pozytywnie opiniują składane wnioski. [...] Ze względu na swój naukowy dorobek wszyscy wchodzili w skład zespołów ekspertów, tzw. paneli zajmujących się dzieleniem grantów Narodowego Centrum Nauki"

i dalej:
"Składane do konkursów wnioski oceniane są przez 20 ekspertów, których nazwiska są tajne. Członkowie "spółdzielni" jednak je znali, co pozwalało im docierać do owych ekspertów i wpływać na nich [...] niemal w każdej kolejnej edycji sami wchodzili w skład takich zespołów, mieli więc bezpośredni wpływ na ich ocenę i mogli sterować: kto dostanie pieniądze, a kto odpadnie już na starcie"

i jeszcze to:
"co najmniej trzech członków <<spółdzielni>> pełniło w ostatnim czasie funkcje przewodniczących paneli w różnych konkursach. Dzięki temu mieli bezpośredni wpływ na to, który wniosek o grant otrzyma dofinansowanie. Jak twierdzi jeden z naszych rozmówców, na swoje potrzeby wynajęli nawet mieszkanie w Warszawie, by z dala od wścibskich oczu ustalać treści recenzji poszczególnych wniosków o granty."

I teraz kilka słów ode mnie:
powyższy przykład pozwala sądzić, że NCN popełnia błąd zostawiając panelistom tak wiele do powiedzenia w sprawie przyznawania grantów. W kraju, w którym nauka przez szereg lat była niedofinansowana, a kadra naukowa żyła (i częściowo nadal żyje) na głodowych pensjach, tak duże pole subiektywnej oceny przy rozdawaniu setek milionów może być wykorzystywane w ten właśnie sposób. Myślę, że jeśli NCN chce poprawić system finansowania nauki w Polsce, to najważniejszym zadaniem jest ograniczanie subiektywizmu przy rozdawaniu pieniędzy! Obecnie dorobek kierownika - czyli jedyny twardy fakt jakim dysponuje panel - ma niewielkie znaczenie i panel może robić co chce (czyli nie dać osobie z dużym dorobkiem, a przyznać komuś z zerowym, co z resztą często ma miejsce). W efekcie dochodzimy do absurdu - powstał system, w którym finansowanie publikowania (bo do tego, upraszczając, się sprowadza nasza działalność naukowa) opiera się nie na umiejętności publikowania, lecz na umiejętności deklarowania publikowania! Osoba, która publikuje przegrywa z osobą która umie ładnie deklarować, że coś opublikuje, mimo, że tego nie robi. A że estetyczna ocena deklaracji jest subiektywna i niemierzalna, to mamy efekt w postaci spółdzielni.

Zwróćmy uwagę, że cały przekręt ze spółdzielniami opiera się właśnie na subiektywnej ocenie grantu: "Dzięki temu mieli bezpośredni wpływ na to, który wniosek o grant otrzyma dofinansowanie". To oznacza, że subiektywna opinia członka panelu ma na tyle duży wpływ, że spółdzielni opłaciło się nawet wynajęcie mieszkania w Warszawie, by podnieść komfort pracy "swoich" panelistów! Przecież gdyby ocena w panelach opierała się faktycznie na jakości projektów i dorobku naukowym, to spółdzielnie nie miałyby prawa istnieć - co mógłby zdziałać taki panelista-oszust, gdyby grant przyznawano rzeczywiście za jakość pomysłu i osiągnięcia naukowe zespołu? Oczywiście nic! Cała akcja była możliwa, gdyż system nie działa w pełni zgodnie z założeniami i dopuszcza zupełne ignorowanie przez panelistów dorobku kierownika i jakości projektu. Gdyby spiąć finansowanie bardziej sztywno z dorobkiem kierownika, mierzonym twardymi parametrami, to spółdzielnie nie miałyby prawa bytu. Ale tego nikt nie zrobi, bo byłaby to "głupia pogoń za impaktem i cytowaniami", a to, jak wiadomo, jest dla nauki w tym kraju największym zagrożeniem! Przecież ktoś, z chęci marnego zysku, mógłby podstępem opublikować w dobrych czasopismach dużo dobrze cytowanych prac i wtedy - mając odpowiednie wskaźniki - mógłby wyciągnąć łapy po pieniądze na naukę... 

michał żmihorski

piątek, 8 listopada 2013

Wyniki konkursów OPUS 5, PRELUDIUM 5, SONATA 5

Czołem,

właśnie opublikowano wyniki konkursów OPUS 5, PRELUDIUM 5, SONATA 5.
Więcej tutaj: klik!

Gratulacje dla zwycięzców!


Pozdrawiam,
Jakub Szymkowiak


sobota, 2 listopada 2013

INTECOL 2013 - dwa filmy!

Pojawiły się w sieci dwa filmy z Plenary Lectures z ostatniego INTECOL, jeden mogę wrzucić, a do drugiego niestety tylko link:



i William Sutherland:
http://www.youtube.com/watch?v=d-3R5X2DKKI


michał żmihorski

środa, 16 października 2013

Seminaria do Stacji Ornitologicznej MiIZ PAN w Gdańsku

Magda Zagalska-Neubauer zorganizowała kolejną porcję super-ciekawych seminariów:

 źródło: http://www.natureisawesome.net/nature-consumes-radioactive-chernobyl/

Zaproszenie na miizaria Gedanensis
2013/2014
Stacja Ornitologiczna, 
Muzeum i Instytut Zoologii PAN,
Gdańsk Ul. Nadwiślańska 108 www.stornit.gda.pl

23.10.2013 godz. 17.3o 
dr Sergiy Dubchak** (Ukraińskie Naukowe Centrum Radiologiczne/ Instytut Służby Więziennej; Kijów, Ukraina) „Radioekologia i wpływ pierwiastków radioaktywnych na faunę i florę w strefie czarnobylskiej ”
- w ramach Gdańskich Spotkań Ornitologicznych na Uniwersytecie Gdańskim

17.12.2013 godz. 12.3o  
mgr Liliana Keslinka (Uniwersytet Gdański/Instytut Geofizyki PAN, Warszawa) „Metody prezentacji i analizy danych przy pomocy narzędzi GIS na przykładzie rozmieszczenia kolonii oraz wielkości populacji lęgowej alczyka na zachodnim Spitsbergenie”

09.01.2014 godz. 12.3o
mgr Michał Budka (Uniwersytet im. Adama Mickiewicza, Poznań) „Zmienność i funkcje głosu derkacza - co wiemy, czego nie wiemy i dlaczego?”

03.02.2014 godz. 12.3o
dr hab. Janusz Kloskowski (Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie) „Zastosowanie izotopów stabilnych w ekologii ptaków wodnych”

07.03.2014 godz. 12.3o
dr Justyna Kubacka (współpracownik OTOP) Czy, kiedy i jak często  kosić: wpływ aktywnej ochrony siedlisk na produktywność lęgową wodniczki

21.03.2014 godz. 12.15
dr Lucyna Hałupka (Uniwersytet Wrocławski) „Dlaczego samice trzcinniczka się rozwodzą?”
mgr Ewelina Klimczuk (Uniwersytet Wrocławski) „Kiedy plama lęgowa spełnia swoją rolę? - przykład inkubacji u trzcinniczka”
mgr Aleksandra Wasińska (Uniwersytet Wrocławski) „Czy samce remiza są lepszymi rodzicami niż samice”

04.04.2014 godz. 12.3o
dr Marcin Polak (Uniwersytet Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie) „Wpływ hałasu drogowego na ptaki”


** 23.10.2013 Gdańsk-Przymorze, ul. Wita Stwosza 59, sala C105 (parter), godz. 17.3o
** 24.10.2013 Poznań, Uniwersytet Przyrodniczy, Coll. Cieszkowskich, ul. Wojska Polskiego 71c, sala Zak. Zoologii, godz. 15.oo
**25.10.2013 Warszawa, Muzeum i Instytut Zoologii PAN, ul. Wilcza 64, sala konferencyjna, godz. 12.3o