niedziela, 26 grudnia 2010

Pytania statystyczne CD

Święta świętami, ale mam problem z obliczeniami i liczę na Waszą pomoc: 

Parametry modelu regresji logistycznej: exp(B) czyli Odds Ratio (OR). Pytanie: Jak standaryzować OR dla predyktorów typu covariate i typu fixed factor??? Chciałbym porównać realny efekt poszczególnych predyktorów z modelu i nie bardzo mam na to pomysł, bo czym innym jest OR=2 dla predyktora kategorycznego, który ma dwie kategorie, a czym innym dla predyktora ciągłego, który się zmienia w zakresie np. od 1 do 1000... Czy te wszystkie świetne programy nie generują takiego standaryzowanego ORa? Bo rozumiem, że na piechotę mogę to liczyć wg. wzoru: exp(B*zakres zmiennej)

dzieki, pozdrawiam
michał żmihorski

czwartek, 23 grudnia 2010

święta...

Przesyłam namiary na świąteczny tekst w Nature od Piotrka Tryjanowskiego, z życzeniami na święta od niego i ode mnie: udanej pracy w święta :o)

http://www.miiz.waw.pl/pliki/pracownicy/zmihorski/4501156a.pdf

środa, 22 grudnia 2010

Sposób na nieprzychylnego recenzenta...

Podrzucam linka znalezionego przez Tomka Mazgajskiego. Co prawda nie z naszego podwórka ale warto rzucić okiem:
http://wiadomosci.gazeta.pl/Wiadomosci/1,80269,8854124,Na_lawe_oskarzonych_za_recenzje_pracy.html

Własnie dostałem "negatywa" z Biodiv Conserv i tak się zastanawiam co robić...  :o)

GRANTY - już za chwileczkę, już za momencik...

...słyszymy już od półtora tygodnia w MNISW: najpierw, że wyniki grantów będą piątek, w poniedziałek pani z MNISW odsyła na stronę internetową bo "wyniki już tam powinny być", wtorek nadal nic, środa bez zmian... Trochę to jest jednak mało profesjonalne i trwa okropnie długo, setki osób dzwonią, co chwila loguję się do OSF, tracą czas. Czy MNISW nie może ogłosić konkretnego terminu i go dotrzymać?

Nowy skład Rady Narodowego Centrum Badań i Rozwoju

Pod koniec roku wysyp nowych Rad - tym razem o Radzie Narodowego Centrum Badań i Rozwoju (NCBR). W poniedziałek, 20.12 ogłoszono nowy jej skład:

http://www.nauka.gov.pl/ministerstwo/aktualnosci/aktualnosci/artykul/nowa-rada-narodowego-centrum-badan-i-rozwoju-1/%3E

Co ciekawe, na stronach NCBR nic o tym jeszcze nie napisali, no ale wiadomo: idą święta, nowy rok, potem trzech króli...

Z nazwisk bliskich sprawom ekologiczno-ewolucyjnym to jest w Radzie m.in. prof. Tryjanowski - gratulacje!

Rada Narodowego Centrum Nauki

Na stronie Narodowego Centrum Nauki pojawiło się info o składzie Rady Centrum i zakresie jej obowiązków:


http://www.ncn.gov.pl/index.html

jak dla mnie to zakres obowiązków wygląda dość strasznie, bo jest to m.in.:
  • określanie maksymalnie trzydziestu dyscyplin lub grup dyscyplin, w ramach których będą ogłaszane i przeprowadzane konkursy na realizację projektów badawczych;
  • określanie priorytetowych obszarów badań podstawowych zgodnych ze strategią rozwoju kraju;
  • ustalanie wysokości środków finansowych przeznaczonych na realizację projektów badawczych w ramach poszczególnych dyscyplin lub grup dyscyplin;
  • określanie tematyki projektów badawczych i warunków przeprowadzania konkursów na ich realizację
Szczerze mówiąc trochę się boję odgórnego narzucania np. "tematyki projektów badawczych", złośliwie można dodać, że krokiem dalej byłoby głosowanie nad tytułami publikacji, które powinny się ukazać w najbliższych latach. Z powyższych punktów wynika, że Rada będzie mocno ingerowała w działalność naukową jednostek... Powstaje wiele pytań: co z dyscyplinami, które nie zostaną wytypowane przez Radę? Trochę się chyba oddalamy od wizji wolnego rynku naukowego i spontanicznego rozwoju nauki weryfikowanego przez recenzentów dobrych czasopism

michał żmihorski

P.S. ktoś (może anonimowo) mógłby skomentować skład osobowy rady? Bo chyba nie kojarzę nikogo, ale ja dużo w lesie przebywam...

środa, 15 grudnia 2010

Musisz być gorszym, żeby być równiejszym ;) ... czyli znów o doktorantach

Witam,
Dzieki uprzejmosci Oli Langowskiej, przekazuje poniższy link:

http://tygodnik.onet.pl/30,0,56892,raport_trzeciego_stopnia,artykul.html

a rzecz tyczy sie doktorantow na UJ (i w domysle - w calej Polsce)
Mnie najbardziej rozbawil krotki fragment: "Doktoranci często nie zdają sobie sprawy, że mogą zgłaszać swoje sugestie dyrekcji instytutu lub władzom wydziału"
Jestem bardzo ciekaw co na to powiedzą doktoranci UJ, ktorzy pojawiaja sie na blogu ;))
Pozdrawiam
PSkorka

wtorek, 14 grudnia 2010

Acta Theriologica wydawane przez Springera

Od niedawna Acta Theriologica jest wydawane przez Springera. Zeszyt 1/2011 ma mieć też nową szatę graficzną:
Tutaj namiary na stronę AT już jako Springer:
http://www.springer.com/life+sciences/animal+sciences/journal/13364

A tu dostęp do kilku poprzednich roczników, także ze strony Springera:
http://www.springerlink.com/content/121818/?Content+Status=Accepted

No i rzucam pytanie do dyskusji o plusy i minusy takiego trasnferu, bo z jednej strony to wzrasta prestiż czasopisma, Springer ułatwia na pewno jego dystrybucję, zarządza stroną internetową, submicjami itp., a z drugiej... no właśnie, są jakieś minusy?

środa, 8 grudnia 2010

Selfplagiarism

http://www.nature.com/news/2010/101207/full/468745a.html

fajny felieton w Nature na temat (re(re(re(re))))re-publikowania ;)
swoich własnych badań. Nie powiem - natknąłem się na to już
kilkakrotnie na naszym własnym podwórku, ale nie sądziłem że jest to
tak powaznie traktowane...

sz.

Wyniki konkursu Juventus Plus

Jak dla mnie sensacja: w trybie ekspresowym - od 29 listopada do 7 grudnia (~tydzień) - Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego oceniło kilkaset grantów (304 przeszły, a wiemy, że złożonych było sporo więcej). Ciekawe jakie były kryteria ocen i czy dostaniemy jakieś recenzje?

Wyniki tu:
http://www.nauka.gov.pl/ministerstwo/aktualnosci/aktualnosci/artykul/wyniki-konkursow-w-ramach-programow-ministra/

niedziela, 5 grudnia 2010

Recepty

http://www.nrbook.com/a/bookcpdf.php

zastanawiam się na ile to się komuś przyda ale ja jestem zachwycony ;)
1000 stron z pożytecznym kodem gdyby ktoś chciał sobie coś
modelować/liczyć/symulować, począwszy od prostych statystyk do równań
różniczkowych i metod randomizacyjnych - no i nie jako suche wzroki
tylko napisane od razu pod C++.

sz.

sobota, 4 grudnia 2010

Pokrewieństwa

Witajcie,

gdyby ktoś potrzebował obliczyć pokrewieństwa/podobieństwa między
osobnikami genotypowanymi molekularnie i przypadkiem chciałby zrobić
to w R - chętnie udostępnię mały pakiet "rELATE" liczący
pokrewieństwa. Powstał on głównie po frustracjach z użyciem innych
nrzędzi (głównie działających online i wymagających danych w dziwnym
formacie). Aktualnie udostępnia metodę Lyncha&Ritlanda, za "chwilę"
będzie też Queller&Goodnight i możliwe że Wang + już wkrótce mozliwość
korygowania na allele zerowe (Wagner et al. 2006, Heredity
97:336-45).. Jedyne ograniczenia to markery (muszą być kodominujące,
>2 allele/marker, >1 loci) oraz moc komputera (umówmy się że dla n
osobników mamy (n^2-n)/2+n porównań więc ilość danych rośnie dość
szybko). Pakiet pozwala też na ogólne obliczenia (częstości alleli,
docelowo tez miary hetorozygotyczności). Po przetestowaniu i braku
'bugów' (na pewno jakieś i tak zostaną ;)) wrzucę go na CRANa - jak
dotąd,co mnie zaskoczyło, nie było dla R narzędzie do liczenia
współczynników pokrewieństwa/podobieństwa.

pozdrawiam
szymek

poniedziałek, 29 listopada 2010

Gdzie znajduje się Polska? :)

Gdzie kończy się a gdzie zaczyna Europa Środkowa w badaniach przyrodniczych? Jesteśmy może 10-20(?) lat za Europą Zachodnią w nauce ale zawsze wydawało mi się, że przynajmniej Polska, a także kraje karpackie a nawet W Ukraina jeszcze „łapią się” do bycia w środkowej Europie. Tymczasem przegryzając się przez różne pracki (głównie ptasie i owadzie) napotykam stwierdzenia wskazujące, że dla badaczy z Europy na W od Odry Polska (i kraje na SE od nas) wcale nie są w środkowej Europie bo np. wskazywane jest, że najliczniejsze populacje leśnego ptaka X występują w Europie Środkowej w Alpach (podczas gdy co najmniej tak samo liczne populacje są w Karpatach czy E Polsce) albo, że w Europie Środkowej kserotermiczny chrząszcz Y występuje jedynie w Kotlinie Pannońskiej (podczas gdy zasiedla także Polskę i W Ukrainę). Miałem też raz problem z tytułem własnej pracy bo chociaż materiał był jak dla mnie z EŚ (Polska, W Ukraina, Morawy, Słowacja) to recenzenci twierdzili, że to już Europa Środkowo-Wschodnia, a właściwie to już Wschodnia;) Jakby nie patrzeć na mapę to większość Europy to Rosja z Ukrainą + 2 spore półwyspy: Europa „zachodnia” z wypustkami na południu oraz Skandynawia. Problem może wydaje się błahy ale chciałbym wiedzieć, czy dla badaczy „zachodnich” (a wśród takich głównie rekrutują się recenzenci) wykonuję badania jeszcze w Europie Środkowej czy już na jej wschodnich kresach J
Pozdrawiam
LKajtoch

piątek, 26 listopada 2010

Ktokolwiek widział, ktokolwiek ma....

opasły pdf z opisem metod w Canoco 4.5 ? Wiem ze niektorzy ponoc maja, ze tez jest ponoc gdzies dostepny na sieci.Ale nie znalazlem... Bylbym niezwykle wdzieczny za wskazanie osoby, ktora to dzielo posiada i u ktorej moznaby z tego skorzystac.
Pozdrawiam
PSkorka

środa, 24 listopada 2010

Przystanek Alaska

Świeży news:
http://www.tokfm.pl/Tokfm/1,103085,8707894,42_losie__odstrzelone_w_celach_naukowych___Ekolodzy_.html

Coś na temat "population ecology & management". W sumie zajefajny temat do badań zarówno od strony samej ekologii gatunku oraz powiązania procesów ekologicznych w obrębie populacji z czynnikami środowiskowymi i historycznymi.

Może macie jakieś hipotezy dlaczego w Polsce dzieje się tak a nie inaczej? Artykuł napisany jest jednostronnie, co uniemożliwia wstępne zapoznanie się z meritum sprawy, ale warto poczytać i się nad tym trochę zastanowić.

Pozdr,

MS

piątek, 19 listopada 2010

spotkanie POPGENu

przekazuje info o ciekawym spotkaniu:
 
Witamy wszystkich bardzo serdecznie,
nastepne spotkanie popgenu odbedzie sie 23.11 we wtorek o godz. 16.30 w 
MIIZie PAN na IV pietrze. referaty wygloszą:
dr Robert Rutkowski MIIZ PAN "Genetyka w ochronie zagrożonych
gatunków - przykład polskiej populacji głuszca Tetrao urogallus"
oraz
Karolina Doan IGiB UW "Krymskie wakacje. Analiza genetyczna 
pleistocenskich jeleni szlachetnych"

serdecznie zapraszamy!
Hania Panagiotopoulou i Mateusz Baca

kasy nie będzie

"papierosów nie będzie, alkoholu nie będzie, nic nie będzie"
K.Kononowicz

Według nieoficjalnych, niesprawdzonych, a tym samym niepewnych informacji zasłyszanych na korytarzach i w windach nie będzie styczniowego konkursu grantowego. Nie wiadomo również czy będzie w lipcu...

coraz lepiej...

czwartek, 18 listopada 2010

Seminarium w Górkach

Wrzucam zaproszenie od Magdy Zagalskiej-Neubauer na seminarium w Stacji Ornitologicznej Muzeum i Instytutu Zoologii PAN w Górkach Wschodnich koło Gdańska:

Chcialabym zaanonsowac seminarium, ktore mam nadzieje zaowocuje regularnymi spotkaniami o charakterze naukowym naszej niewielkiej grupy.
 

22 listopada, godz. 11.oo (poniedzialek)

Marcin Tobółka 

"Wybrane aspekty biologii i ekologii bociana białego w Wielkopolsce."

 
Marcin jest doktorantem prof. P. Tryjanowskiego, w IZ PULS w Poznaniu. Więcej informacji o prelegencie na stronie: http://zoologia.up.poznan.pl/pl/mgr-marcin-tob%C3%B3%C5%82ka 

Wszystkich serdecznie zapraszam!
 
Magdalena Zagalska-Neubauer

niedziela, 14 listopada 2010

Przykładowe dane


Nie wiem na ile się to przyda niektórym z Was - ale dla mnie bomba ;) Strona zawiera dziesiątki przykładowych zestawów danych do bawienia się danymi statystycznymi, idealnych do użycia na kursach i warsztatach statystycznych.

sz.

kumate muchołówki

Bardzo fajne eksperymenty i wyniki – Ficedule kopiujące wybór skrzynki lęgowej za bogatkami (w oparciu o symbol na froncie skrzynki!!) i oceniające przy tym performance (liczba jaj lub piskląt) sikorek.

http://rspb.royalsocietypublishing.org/content/early/2010/11/03/rspb.2010.1610.full.pdf+html.

Dlaczego tego typu praca ma frekwencję raz na rok??

Tak czy inaczej – nowatorskie, dobre, inspirujące. Czy ktoś 10 lat temu myślał, że można zarządzać wyborem miejsca gniazdowania ptaków, malując im krzyżyk lub trójkąt na budce???

Pozdr,

pch

czwartek, 11 listopada 2010

Kryterium Akaike'a a problem "multicollinearity" w modelach regresyjnych

Witam,
Jak wiadomo problem "multicollinearity" jest powszechny w badaniach. Wlasnie siedze nad danymi ktore obarczone sa tym problemem i zastanawiam sie co zrobic. Wolalbym nie stosowac brutalnie PCA, bo konkluzje z wynikow powinny miec stricte aplikacyjny charakter, wiec zalezy mi na konkretach, a nie na dosc abstrakcyjnym, dla zwyklego czowieka, pisaniu, ze skladowa glowna miala wplyw itp. Spotkalem sie z opinia, ze rozwiazaniem problemu jest selekcja "najlepszego" modelu metodą Akaike'a i ze to omija problem wspolzmiennosci. Macie moze rozeznanie, albo publikacje wskazujace wprost, ze tak jest rzeczywiscie ?
Pozdrawiam
PSkorka

środa, 10 listopada 2010

BES rulez (w pokazywaniu nowych trendów w statystyce)

Żeby nie było tylko jak to źle w polskich naukach ścisłych (w odróżnieniu od nieścisłych – vide casus mojego faworyta z Krakowa, prof. JH, co to swój doktorat na zydlu w kiblu napisał i uważa, że doktoranci przeginają z tymi postulatami pieniędzy za pracę); no więc, żeby nie było – polecam uwadze całą kolekcję papierów na early-online w Behavioural Ecology and Sociobiology, poświęconych nowym technikom/trendom w statystyce. Od Burnhama & Andersona po Nakagawę – bardzo odświeżające i inspirujące (jak dla mnie, prostaczka). Pleasure to read, kak goworiat francuzy.

Pozdro,

Przemek Chylarecki

wtorek, 9 listopada 2010

piątek, 5 listopada 2010

Nierzetelnośc naukowa w Polsce

Nierzetelnośc naukowa w Polsce
Wygrzebek z dzisiejszej Gazety:

"Polskie uczelnie chcą skończyć z plagiatami. Rektorzy i naukowcy po raz pierwszy przyznają, że to problem, i otwarcie dyskutują o patologiach w polskiej nauce. O naruszeniu praw autorskich, a w szczególności uzyskiwaniu awansu naukowego w oparciu o cudze dokonania dyskutowano przez dwa dni w Bydgoszczy. Doświadczeniami dzielili się rektorzy, prorektorzy, dziekani i naukowcy, ale też rzecznicy dyscyplinarni i członkowie komisji dyscyplinarnych z kilku uczelni."

Całość na: http://wiadomosci.gazeta.pl/Wiadomosci/1,80273,8615050,Uczelnie_nie_chca_sie_dluzej_wstydzic.html

PS. popatrzcie, kto przewodniczył obradom ;)

Pozdr,

Krysia

wtorek, 2 listopada 2010

Open Access...

Właśnie skorzystałem z możliwości opublikowania artykułu w Springer'ze (konkretnie Eur.J.Forest Res.) na zasadzie "Open Access". Nasze Ministerstwo Nauki podpisało z tym wydawnictwem umowę do roku 2012, zgodnie z którą każdy z polską afiliacją może liczyć na pokrycie kosztów usługi Open Access przez MNiSW. Więcej info na temat tego programu TU. Wg informacji podanej na stronie Springer'a koszt publikacji na tych zasadach to 2000Euro, szczegóły TUTAJ, chociaż w ramach tak dużej umowy (obejmującej praktycznie wszystkich polskich naukowców) można przypuszczać, że koszt jednostkowy jest (dużo?) mniejszy.
A żeby było wesoło, na koniec podsyłam namiary na papier, który dostałem od Przemka Chylareckiego. Artykuł ten pokazuje, że po uwzględnieniu wszystkich współzmiennych efekt Open Access nie ma istotnego wpływu na liczbę cytacji danego artykułu: 

Patterns of Citations of Open Access and Non-Open Access Conservation Biology Journal Papers and Book Chapters

Niestety nie jest dostępny na zasadzie Open Access, ale abstrakt nie pozostawia wątpliwości:
After controlling for type of paper (e.g., review or research paper), length of paper, authors’ citation profiles, number of authors per paper, and whether the author or the publisher released the paper in OA, OA had no statistically significant influence on the overall number of citations per journal paper.


No i pytanie: czy to dobry sposób inwestowania pieniędzy podatnika przeznaczonych na naukę??? Co uważacie? 

Michał Żmihorski

P.S. Może rozsądniej byłoby wykupić wszystkim dostęp do WILEY'a, bo aktualnie np. ja nie mam żadnego dostępu do szeregu topowych journali...
 

środa, 27 października 2010

Nowa książka o statystyce

Witam,


Dobrze jest zacząć miło dzień w pracy, szczególnie jak tego samego dnia pocztą przychodzi autorski egzemplarz nowej książki. Mam tutaj na myśli "Zrozumieć statystykę" autorstwa dr Piotra Jadwiszczaka z Instytutu Biologii Uniwersytetu w Białymstoku.
Książka wydana została w tym roku we wrześniu. Można ją dostać w internecie w wersji tradycyjnej (27 zł) lub jako pdf (20 zł). Tutaj link: http://www.mybook.pl/6/0/bid/234.

Myślę, że pozycja warta lektury, zarówno jako podstawy ale i rozszerzenie wiedzy ze statystyki. Jest z pewnością alternatywą dla książki Łomnickiego. Zawiera sporo informacji dotyczących metod losowych w analizie danych (resampling, bootstrap, jackknife, monte carlo). Autor jest twórcą pakietu statystycznego Rundom Pro (http://pjadw.tripod.com/), który jest już cytowany w dobrych papierach (http://pjadw.tripod.com/citations.htm).

Wielce się ucieszyłem, kiedy dowiedziałem się od Piotra o jego inicjatywie, tym bardziej, że będąc na studiach to właśnie na jego zajęciach uczyłem się metod statystycznych.

Polecam :)

Michał Skierczyński

poniedziałek, 25 października 2010

O własnych badaniach szerzej

Czołem,

natknąłem się na linka:
http://supermozg.gazeta.pl/supermozg/1,97455,8564100,SciVee___Youtube_dla_naukowcow.html

Dość ciekawe. Można słuchać człowieka i np. przy okazji przeglądać jego pracę w pdfku online.
W sumie to chyba ciekawy sposób na dodatkową reklamę swoich wyników ;)

Pozdr,

MS

piątek, 15 października 2010

Język polski w nauce

Było ostatnio o filozofii (patrz wątek: Czyżby czyżyk - komentarze do prof Hartmana), było też o pisaniu doktoratów w wersji english vs polish (wątek jak wyżej). Mnie natomiast ostatnio dopadła refleksja nad słowotwórstwem w nauce, a może bardziej nad zbyt natrętnym englishowaniu języka polskiego. Englishowanie - czytaj jako wprowadzanie słów z języka angielskiego w wersji polskiej ale po angielsku.
Mimo, że koledzy robią to nagminnie, no nie mogę czasem słuchać jak kolejny raz ktoś zamiast siedliska mówi "habitaty" itp.

Przecież mamy w j. polskim dużo słów równych tym określeniom, dlaczego ich nie stosujemy. Z lenistwa, wygodnictwa, tak się tylko zastanawiam gdzie to wszystko zmierza?

Co o tym sądzicie?


Pozdr,

MS

czwartek, 14 października 2010

Informacja o naborze kandydatów

Informacja o naborze kandydatów na członków Rady NCN, Rady NCBiR oraz KEJN

w tym:

Nabór kandydatów na członków Rady Narodowego Centrum Nauki


Nabór kandydatów na członków Rady NCBiR

Nabór kandydatów na członków Komitetu Ewaluacji Jednostek Naukowych


Mlodsi naukowi (tzn cn dr) takze moga sprobowac kandydowac (o ile pracuja w jednostce z 1 lub 2 kategorii w zaleznosci od ogloszenia i zostana wybrani w wewnetrzym kastingu takiej jednostki ... ;)

Pzdr

Łukasz Kajtoch

niedziela, 10 października 2010

Kwiatki grantowe

Czy mieliście czasem do czynienia z ciekawymi recenzjami waszych wniosków grantowych?

Bardzo ciekawe dwa komentarze miałem przy grantach które zostały ubite.

Jeden z moich ulubionych cytatów: "W sumie oceniam projekt jako słaby, bardzo drogi i co jest jego nieszczęściem bardzo odważny."

W innym grancie recenzent stwierdził, że nasz zespół zamierza po prostu wyjechać na wakacje do egzotycznego kraju.

Ubawić się można. W każdej recenzji, z których pochodzą powyższe cytaty nie znalazłem ani jednego sensownego zdania, które merytorycznie dyskwalifikowałoby projekt.

Pytanie moje brzmi, kto oceniał te projekty? Nie dowiem się nigdy bo nazwiska recenzentów nie są jawne. Natomiast jawnie brane są za to przez nich pieniądze. Ty zasuwasz kilka miesięcy szlifując projekt, a recenzent takich jak przytoczone powyżej przykłady skrobie kilka linijek tekstu i jest ok. Recenzje powinny dać wnioskującemu o finansowanie szansę na przemyślenie wniosku o ile posiadał on poważne błędy merytoryczne. A tak najczęściej się nie dzieje.

Jeżeli nazwiska recenzentów są utajone, to również oni powinni dostawać do opiniowania wnioski nie posiadające nazwisk autorów. Coś w stylu CAT (completely anonymous text) manuscript jak w niektórych poważniejszych czasopismach naukowych, gdzie recenzent nie sugeruje się między innymi nazwiskiem osób, które piszą pracę gdy ją ocenia.

Albo gramy fair i podpisujemy się pod recenzjami, albo... no właśnie co?

czwartek, 7 października 2010

Kto pyta nie błądzi, czyli pytania statystyczne

Ponieważ blog ma służyć wymianie informacji proponuję temat dotyczący statystyki i jej praktycznego zastosowania, które nie jest sprawą prostą dla biologów. Jak ktoś może pomóc to piszcie:

Pytanie 1.  Mam zmienną niezależną, która jest rangą. Waha się od 1 do np. 100, i rozkład jest całkowicie równomierny (każdy przypadek ma inną rangę). Do tego kilka "explanatory variables". Pytanie: czy mając taką zmienną zależną mogę dopasować jakiegoś (jakiego?) GLMMa??? jaki rozkład i jak to ugryźć? jak nie GLMM to co alternatywnie?

dzieki
żmihor

Czyżby czyżyk?

W sejmie zakończono pierwsze czytanie nowej ustawy dot. stopni wyższych i spraw związanych z doktoratami. Okazuje się, że posłowie potrafią czytać i może dzięki temu coś się ruszy. Co prawda nie wiem na ile ewentualne zmiany usprawnią obecnie tragiczną dość sytuację trzeciego poziomu studiowania, ale coś się zaczyna dziać.


Poniżej link:
http://www.rp.pl/artykul/2,545926-Zagraniczni-recenzenci-ocenia-doktorat.html

Pozdr,

Michał. Dzięki Marcinie za info.

czwartek, 30 września 2010

Ocena parametryczna jednostek

Ministerstwo Nauki ogłosiło nową listę jednostek naukowych wraz z ich kategoryzacją. Na stronie 39 pdf-a tabela dot. nauk biologicznych:
komunikat

michał żmihorski

Granty złożone w lipcu dostępne na stronach OPI

Na stronie OPI dostępne są projekty złożone w ostatnim, 40-tym konkursie MNiSW. Liczby grantów w poszczególnych kategoriach znowu biją rekordy: 251 projektów w "ekologii" i 269 w "biologii organizmów"! Jest kilka ciekawych, warto poczytać...

michał żmihorski

wtorek, 28 września 2010

Informacje o grantach - dane "archiwalne" dostępne

Na stronie OPI udostępniono dane o projektach finansowanych przez MNiSW (wcześniej KBN) do konkursu nr 6 włącznie, czyli ponad 15 lat temu. Można na przykład znaleźć tam taki grant:

Tytuł: Zmiany awifauny lęgowej w agrocenozach zachodniej Wielkopolski
Kierownik: mgr Piotr Tryjanowski
Instytucja realizująca: UNIWERSYTET IM. ADAMA MICKIEWICZA W POZNANIU WYDZIAŁ BIOLOGII
Typ projektu: własny
Dyscyplina naukowa: Ochrony Środowiska Przyrodniczego
  decyzja - zakwalifikowany

Dotacja przyznana przez Ministra 10 000




i rozliczyć autora: co zrobił za taką sumę z pieniędzy podatnika :o))
pozdr
michał żmihorski

poniedziałek, 27 września 2010

Przemyslenia po północy... czyli dlaczego czasami "open source software" jest lepsze niż komercyjne

Wlasnie spedzilem prawie pol godziny, zanim znalazlem w szacownym nowo-zainstalowanym Wordzie 2007 funkcje numerowania wierszy. Nie wiem, czy jest na swiecie bardziej, mówiąc wprost - spieprzone uaktualnienie w miare dobrze dzialajacego softwaru jak nowy Word i Excel 2007.
Pozdrawiam wszystkich skrobiących maszynopisy i nie tylko,
pskorka

sobota, 25 września 2010

Inflacja Impact Factora czyni nas lepszymi

Impact Factor dobrego czasopisma ekologicznego (n=70 z IF>1 w ciągu „ostatnich” 5 lat) rośnie w tempie 0.23 na rok z samego tylko tytułu, że przeciętny papier cytuje coraz więcej pozycji literatury (wzrost w tempie 0.67 cytowanego papieru/rok). Ergo: tylko jeśli IF czasopisma ekologicznego wzrasta ponad 0.23 rocznie, to jest się z czego cieszyć. Reszta (do 0.23 na rok) jest iluzją, random driftem itd. Innymi słowy: Red Queen w wydaniu dla redaktorów. Prawdziwe lub nie – przeczytać warto: Neff & Olden 2010. Not so fast: Inflation in impact factors contributes to apparent improvements in journal quality. BioScience 60: 455-459. Do znalezienia na stronie Juliana Oldena:

http://www.fish.washington.edu/research/oldenlab/publications.html

 

Przemek Ch.

czwartek, 23 września 2010

Ptaki, budki i... szerszenie

Koledzy,

ostatnio dyskusja o wykorzystaniu budek przybiera na sile - vide nasza praca w Acta:

Lambrechts M. M., Adriaensen F., Ardia D. R., Artemyev A. V., Atiénzar F., Bańbura J., Barba E., Bouvier J.-C., Camprodon J., Cooper C. B., Dawson R. D., Eens M., Eeva T., Faivre B., Garamszegi L. Z., Goodenough A. E., Gosler, A. G., Grégoire A., Griffith S. C., Gustafsson L., Johnson L. S., Kania W., Keišs O., Llambias P. E., Mainwaring M. C., Mänd R., Massa B., Mazgajski T. D., Mrller A. P., Moreno J., Naef-Daenzer B., Nilsson J.- Ĺ., Norte A. C., Orell M., Otter K. A., Park Ch. R., Perrins Ch. M., Pinowski J., Porkert J., Potti J., Remes V., Richner H., Rytkönen S., Shiao M.-T., Silverin B., Slagsvold T., Smith H. G., Sorace A., Stenning M. J., Stewart I., Thompson Ch. F., Török J., Tryjanowski P., van Noordwijk A. J., Winkler D. W., Ziane N. 2010. The design of artificial nestboxes for the study of secondary hole-nesting birds: a review of methodological inconsistencies and potential biases. Acta Ornithol. 45: 1–26.

(blisko literackiego Nobla za liczbę Autorów;-))

chce jednak zwrócić uwagę na inną rzecz jaką powodują budki - mogą ściągać do miast ... szerszenie. Wyniki naszej pracy tutaj:


Langowska A., Ekner A., Skórka P., Tobolka M., Tryjanowski P. (2010) Nest-Site Tenacity And Dispersal Patterns Of Vespa crabro Colonies Located In Bird Nest-Boxes. Sociobiology 56: 375-382
* zawsze chcialem miec pracke w tym czasopismie... tylko ze wzgledu na nazwe;-))
Pozdrawiam
Piotr Tryjanowski

Fajny "add-in" do Excela

Ahoj,
Znalazlem dzisiaj w sieci bardzo fajny dodatek do Excela z kilkoma fajnymi funkcjami :)
Do zassania z
http://www.heckgrammar.kirklees.sch.uk/index.php?p=10310

Pozdrawiam
pskorka

wtorek, 21 września 2010

Podobno pod latarnią najciemniej, ale... wiemy z czym to się skojarzyć może ;)

Trochę z mojej działki - czyli o ptasim śpiewaniu, ale pod latarnią.

Wpatrując się w światło np. z lampki lub w komputer przez cały dzień oraz w nocy możemy nabawić się dziwnych stanów, łącznie z przesterowaniem naszego zegara biologicznego w tym seksualnego ;) Cóż u ptaków jest równie ciekawie.

W najnowszym (still in press) Current Biology Bart Kempenaers i inni odkryli, że sikory modre żyjące na skraju lasu w pobliżu oświetlonych ulic rozpoczynają śpiewać od 3 do 10 minut wcześniej niż te, które żyją w głębi lasu. Natomiast samice nieco bardziej receptywne i lubiące przygody szukają tych porannych macho sądząc, że są oni bardziej silni i dorośli niż są faktycznie. Wniosek jest taki, że "szczeniaki z miasta" mają dwa razy więcej pozamałżeńskich sukces w rwaniu samic niż ich odpowiedniki w głębi lasu.

Ot taki efekt "jazdy na miastowego" w wiejskiej dyskotece.




 Poniżej link do papieru:

http://www.cell.com/current-biology/abstract/S0960-9822%2810%2901018-3

Pozdr,


Michał Skierczyński

sobota, 18 września 2010

czwartek, 16 września 2010

Nie taki Akaike prosty, jak go malują

Kryterium informacyjne Akaike’go (AIC) jest obecnie uniwersalnym kryterium wyboru optymalnego modelu spośród wielu konkurujących ze sobą modeli objaśniających interesującą nas zmienną zależną. AIC pozwala porównywać – dla tych samych danych – zarówno modele zagnieżdżone (co umożliwia również LRT), jak i nie zagnieżdżone. Powszechnie przyjmuje się, że modele różniące się o nie więcej niż 2 jednostki AIC są porównywalnie dobrymi modelami. W szczególności, modele gorsze od zidentyfikowanego modelu optymalnego (posiadającego minimalne AIC) o mniej niż 2 jednostki AIC są tradycyjnie uznawane za równie dobre, alternatywne modele objaśniające zmienną zależną.

 

W jednym z ostatnich J Wildl Management, Todd Arnold zwraca uwagę, że dodając do optymalnego modelu (minimalne AIC) kompletnie nonsensowny predyktor (np. losowa liczba z określonego przedziału) można uzyskać model różniący się od optymalnego o mniej niż 2 jednostki AIC. I odwrotnie, eliminując predyktory z przeparametryzowanego modelu, w poszukiwaniu minimalnego AIC, możemy uzyskać – obok optymalnego, porównywalnie dobry model (różnica AIC<2) zawierający totalnie nieinformatywną zmienną jako predyktor.  Przy powszechnie panującym podejściu, taki model bywa traktowany jako świadectwo, że ten dodatkowy predyktor jednak ma jakieś znaczenie dla objaśniania zmienności w naszej zmiennej zależnej. No i to jest błąd, bo z powodów opisanych w artykule – przy bezkrytycznym stosowaniu wyłącznie kryterium różnicy AIC – możemy poważnie traktować modele zawierające zmienne nie mające najmniejszej mocy predykcyjnej dla analizowanej zmiennej.

 

Podstawowym powodem takiej sytuacji jest sposób definiowania AIC, które w swoim wzorze zawiera składnik [2 * liczba predyktorów]. Sytuacja nie jest jednak beznadziejna (far from it…) – Arnold pokazuje, jak nie dać się wpuścić w ten kanał. Co śmieszniejsze, na problem ten zwracali uwagę również Ken Burnham i David Anderson - goście, którzy wypromowali AIC swoją książką o selekcji modeli, ale wszyscy olali ten fragment ich książeczki w drugim wydaniu… Teraz mają szansę naprawić swój błąd, czytając artykuł:  Arnold TW. 2010. Uninformative Parameters and Model Selection Using Akaike’s Information Criterion. Journal of Wildlife Management 74(6):1175–1178.

 

Przemek Ch.

Obywatel suseł...

Część osób już to widziała, ale może warto pokazać ten wynik w szerszym gronie z prośbą o pomysły na interpretacje. Jak dla mnie mocne:

rozmieszczenie susła moręgowanego w Polsce (Głowaciński 2001):

Rozmieszczenie susła perełkowanego w Polsce:
Rozmieszczenie miejsca zamieszkania obywateli polskich o nazwisku "Suseł" w oparciu o portal "Moi krewni":
Zbieg okoliczności? Jakieś inne pomysły?
pzdr
michał żmihorski

piątek, 10 września 2010

Koniec legendy o wilkach ratujących drzewa?

Polecam nowy artykuł z Ecology – Matthew Kauffman rozprawia się z legendarną historyjką o tym jak re-introdukowane w Yellowstone wilki uratowały lokalne zadrzewienia osikowe/topolowe (które tam są gatunkiem wartościowym). Story została rozpropagowana w kilku obszernych papierach przez dwóch autorów Ripple & Betschta, i jak dla mnie była klasykiem jeśli chodzi o „trophic cascades”. Ale jak to napisał Kauffman – historia okazała się bardziej skomplikowana niż niektórzy myśleli.

 

Tutaj namiary na oryginalne stories.

 

·          Ripple, W. J., and R. L. Beschta. 2003. Wolf reintroduction, predation risk, and cottonwood recovery in Yellowstone National Park. Forest Ecology and Management 184:299–

·          313.

·          Ripple, W. J., and R. L. Beschta. 2004. Wolves and the ecology of fear: can predation risk structure ecosystems? Bioscience 54:755–766.

·          Ripple, W. J., and R. L. Beschta. 2007. Restoring Yellowstone’s aspen with wolves. Biological Conservation 138:514–519.

·          Ripple, W. J., and E. J. Larsen. 2000. Historic aspen recruitment, elk, and wolves in northern Yellowstone National Park, USA. Biological Conservation 95:361–370.

·         Ripple, W. J., E. J. Larsen, R. A. Renkin, and D. W. Smith. 2001. Trophic cascades among wolves, elk and aspen on Yellowstone National Park’s northern range. Biological Conservation 102:227–234.

 

A tu link do artykułu Kauffmana:

http://www.esajournals.org/doi/abs/10.1890/09-1949.1

(gdybym wiedział jak, to bym wrzucił pdfaJ)

 

Przemek Ch.

 

 

Road Ecology w polskiej wersji

Ukazała się polskie tłumaczenie klasycznej książki dotyczącej szeroko rozumianych relacji wildlife-drogi: "Road Ecology: Science and Solutions" by Forman et al. Oryginał wydany w 2003 przez Island Press. Sprawdzałem, i na ISI książka ma ponad 200 cytowań.

Na razie znalazłem książkę w formacie pdf do ściągnięcia w całości tu:
http://zielonasiec.pl/wp-content/uploads/ekologia_drog.pdf

Redakcja naukowa tłumaczenia Chylarecki i Wiśniewska. Niestety nie wiem czy jest do kupienia w wersji papierowej...

pzdr
michał żmihorski

poniedziałek, 6 września 2010

książki o R

Książek o R jest sporo ale tych po Polsku raczej niewiele i nie wszystkie przyjazne czytelnikowi. Ukazały się natomiast dwie książki, które są warte polecenia. Mam je od niedawna ale naprawdę mi się przydają jako przewodnik i baza skryptów Ra. 
Pierwsza (większa) to metody ilościowe w R - sporo przydatnych dla ekologów technik (m.in. różne generalized linear models, np. dość rzadko opisywane Zero-Inflated Poisson i Zero-Inflated Negative Binomial). Druga to statystyka przestrzenna. Przyznam, że dla mnie miejscami trudna i jeszcze nie zrozumiałem wielu poruszanych tam problemów, ale na pewno warto przeczytać. W tej książce znajdziecie m.in. techniki szacowania przestrzennej autokorelacji (podstawa modelowania i często duży problem analityczny w ekologii - wystarczy spojrzeć na cytowania pracy Dorman et al. z Ecography w lewym dolnym rogu bloga) i opis rysowania map.
 
jakby ktoś nie widział to autorką jest Katarzyna Kopczewska (w pierwszym przypadku et al.), wydawnictwo CeDeWu

pzdr
michał żmihorski

czwartek, 2 września 2010

Never ending story, czyli do ilu razy sztuka?

Wiadomo, ze planowanie badan, zbieranie prob to jedna z najprzyjemniejszych czesci pracy badawczej. Niemniej nadchodzi moment, kiedy chcemy pokazac swiatu co nam wyszlo (badz nie wyszlo) no i wysylamy nasze maszynopisy do journali na pozarcie znudzonym zyciem, sfrustrowanym badz niezbyt trzezwo myslacym recenzentom ;) Ile Waszym zdaniem warto probowac wysylac maszynopisy, ktore sa odrzucane przez kolejne czasopisma, a kiedy warto dac sobie spokoj? Takie dylematy decyzyjne nadchodza mnie przy kawie i maszynopisie, ktory wlasnie probuje poprawic i przygotowac do wyslki po raz piąty...

pozdro

skorka

wtorek, 31 sierpnia 2010

Nie znacie dnia ani godziny... czyli nowa punktacja czasopism!

Nieoczekiwanie, przynajmniej dla mnie, pojawiła się nowy wykaz czasopism wraz z liczbą punktów za UMIESZZCONĄ WNICH (cokolwiek by to miało znaczyć!) publikację naukową. Całość dostępna tu:
http://www.nauka.gov.pl/fileadmin/user_upload/Finansowanie/finansowanie_nauki/Lista_czasopism/20100827_UJEDNOLICONY_WYKAZ_ZA_2007_-_2010_11_06_2010.pdf

Jak dla mnie trochę to zaskakujące... Po pierwsze ostatnia lista była zamieszczona na stronach ministerstwa w maju jako "Załącznik do komunikatu nr 15 Ministra Nauki i Szkolnictwa WyŜszego z dnia 20 maja 2010 r." A po miesiącu (bo najnowsza lista już jakiś czas funkcjonuje, chociaż nie wiem od kiedy wisi na stronie) pojawia się nowa, z zupełnie nowym podziałem punktów. Będę jeszcze w tym grzebał ale już widać, że różnice dotyczą wielu czasopism. Dla przykładu Acta Ornithol w maju miało 15, teraz ma 27... Poza tym zmieniły się kategorie czasopism: zamiast dotychczasowego 10, 15, 20, 24 mamy 13, 20, 27, 32, 40... Macie pomysł jakie to ma konsekwencje???

michał żmihorski

Dalsze pochwały dla eRa

Jako nieustający orędownik R ostatnio trafiłem na bardzo ciekawy art - tak tematem jak i zaawansowaniem statystyki - który wykorzystuje cacuszko zwane 'MCMCglmm'. Art dotyczy dość aktualnego problemu ewolucji kooperacji w gnieździe. - i swoją drogą jest pierwszym w Nature opublikowanym z użyciem tego pakietu ;)


A z najnowszego nature - wartościowa korespondencji (i Editorial kilka stron wcześniej) na temat Sami-Wiecie-Czego - czyli scientific misconduct.


szymek

poniedziałek, 30 sierpnia 2010

skuteczność jednostek w aplikowaniu o granty

W ramach analizy grantów ostatnie już chyba dwa wykresy. Jak widać różnice między jednostkami są spore, zarówno jeśli chodzi o skuteczność aplikowania jak i wartość grantów. Uwzględniłem tylko te jednostki, które w całym materiale (7 ostatnich konkursów w sekcji N303 i N304) otrzymały co najmniej 5 grantów.

Średnia wartość grantu realizowanego przez poszczególne jednostki


Skuteczność w pozyskiwaniu grantów (prawdopodobieństwo sukcesu):
pzdr
michał żmihorski

piątek, 27 sierpnia 2010

My blog is carbon neutral...

Może warto coś takiego wrzucić, nie jestem pewien czy działa i jaki jest faktyczny efekt ekologiczny ale pomysł ciekawy:
zasada jest prosta: jeden blog = jedno drzewo. Niemcy sadzą jedno drzewo w zamian za zamieszczenie na blogu informacji o ich programie. No więc zamieszczam. Więcej na ten tamat na ich stronie:

I dostajemy fajny obrazek do wklejenia:

Czarne dziury, czyli gdzie lepiej nie składać maszynopisów

Warto może wymienić się informacjami, do których czasopism lepiej nie wysyłać maszynopisów z uwagi na długi czas oczekiwania na recenzje/decyzję redakcji itp. Ze swojej strony przestrzegam przed dwoma:

Belgian Journal of Zoology - kilka lat temu czekaliśmy tam z Tomkiem Mazgajskim około roku na recenzje, które były negatywne... W tym czasie raczej nie dało się skontaktować z redaktorem, który odpisywał na maile z dużym opóźnieniem, był też dłużej "out of office" itp. Zdecydowanie nie polecam tego czasopisma...

Silva Fennica - fajne czasopismo, pdfy online, dotychczas 20 punktów, od ostatniej listy 15 pkt MNiSW ale redakcja pracuje z dużym opóźnieniem... Kilka miesięcy czekaliśmy na zinterpretowanie recenzji przez redaktora i skierowanie ich do nas. Teraz, po odesłaniu pracy po poprawkach nadal czekamy (juz 3 m-ce)...

jak wasze doświadczenia???
pozdr
michał żmihorski

poniedziałek, 23 sierpnia 2010

analiza grantów c.d.

kilka kolejnych ciekawostek na próbie 2146 grantów z sekcji N303 i N304

numer grantu (dla każdego konkursu zaczynający sie od 1), prawdopodobnie obrazujący kolejność składania wniosków, istotnie koreluje z prawdopodobieństwem otrzymania projektu... jakieś pomysły na interpretacje (poza przypadkiem)???


granty genetyczne mają dłuższe tytuły, ale nie wiem czy tu nie ma ukrytego błędu logicznego...:


Inżynierowie radzą sobie zdecydowanie gorzej niż nie-inżynierowie, i różnice są całkiem spore:


i najfajniejsze: kobiety piszą bardziej rozwlekle niż mężczyźni. Tytuły grantów pań są średnio o ok. 6 znaków dłuższe niż panów. Uprzedzając pytania dodam, że płeć nie ma wpływu na P otrzymania grantu (liczone w GLMMie wiec z uwzględnieniem innych potencjalnych predyktorów):

Powyższe zależności wychodzą również w GLMie przy równoległym uwzględnianiu wszystkich potencjalnych predyktorów, więc raczej nie są to jakieś "rykoszety" statystyczne tylko prawdziwe zależności!

pozdr
żmihor

sobota, 21 sierpnia 2010

Eating frogs to extinction

Tytul mowi sam za siebie. Praca opublikowana w niedawnym Conservation Biology:

http://salvemossapos.com/threats/pdfs/Warkentin-2009-Frog-Legs.pdf

Jak sie to czyta to na prawdę ciężko w to uwierzyć; kilka przykładowych liczb z tej pracy:

-prawie 10 000 ton żabich udek - tyle rocznie importuje UE (oczywiscie przoduje Francja),
- 30-160 milionow - tyle zab jest zabijanych rocznie w Indonezji w celach konsumpcyjnych (głównie na eksport),

W ogole bardzo ciekawa notatka, polecam

pozdro

pskorka

Niezwykle ciekawy artykuł o ewolucji i inwazjach

Goraco polecam bardzo interesujacy artykul z Molecular Ecology o ewolucyjnych konsekwencjach inwazji biologicznych:
http://www.life.illinois.edu/suarez/Publications/SuarezTsutsui2008MolEcol.pdf

Bardzo dobra lektura na sobotni wieczor ;))

Pozdro

pskorka

czwartek, 19 sierpnia 2010

Cos z działki "applied science" - ciekawy przegląd o sadach

Problem bioroznrodnosci i "ecosystem services" w sadach staje sie ostatnio waznym wątkiem w agroekologii. Polska jest obfita roznego typu sady, co nie ma jednak wiekszego przelozenia na badania (i ich poziom) w tym temacie, niestety ;).
Polecam ponizszy artykul
http://www.agronomy-journal.org/index.php?option=com_article&access=standard&Itemid=129&url=/articles/agro/abs/2010/01/a8216/a8216.html

Pozdro
PSkorka
http://skorasp.republika.pl

środa, 18 sierpnia 2010

Ciekawy papier z Nat Rev Genet

Pytanie jest proste - czy ludzie ewoluują. Odpowiedz angazuje najaktualniejsze metody genetyki ilosciowej - i sama w sobie ma ciekawe konsekwencje ;)



SzD

Global dimming

Goraco polecam obejrzenie tego filmiku o "global dimming" (sklada sie z 5 czesci - wszystkie na youtube):
http://www.youtube.com/watch?v=bLfBXRPoHRc&feature=related

Pozdro

P

Książki (bio)statystyczne

Jeśli już o książkach - tutaj jest całkiem spory zbiór pozycji ogólnie (i szczególnie) pojętej bio-matema/statys-tyki ;) niektóre całkiem ciekawe

http://bbs.matwav.com/viewthread.php?action=printable&tid=862135

pozdrawiam
SzD

niedziela, 15 sierpnia 2010

analiza grantów MNiSW

Jest niedziela, więc po całym tygodniu pracy trochę zabawy: ściągnąłem w wersji xls wyniki ostatnich 7 konkursów w sekcji N304 (ekologia...). Oto kilka ciekawszych wykresów.


Jak widać zwięzłego i precyzyjnego pisania uczymy się przez cały okres rozwoju naszej kariery naukowej :o)


Granty genetyczne są średnio o 50 tys. droższe ale ciężko wnioskować tu o przyczynowości...

no i prawdopodobieństwo otrzymania grantu (wg. regresji logistycznej w wersji GLMa): słowo "gentyka" w tytule ma tu pozytywny wpływ, podobnie jak typ grantu (łatwiej dostać promotorski niż własny). Co do stopnia to wychodzi ciekawie: doktor ma istotnie mniejsze szanse niż profesor, a magister jest gdiześ po środku:
 

c.d.n.
michał żmihorski

sobota, 14 sierpnia 2010

nowa wersja pakietu MCMCglmm dla R

Wyszła nowa wersja świetnego pakietu MCMCglmm dla R (autorem jest Jarrod Hadfield). Najnowsza wersja jest datowana na 10 sierpnia br. i usprawniono w niej obsługę informacji filogenetycznej (nowe formaty w jakich można pokrewieństwa filog. wkladac do analiz), pakiet już nie wiesza się tak w przypadku metaanaliz z predefinowanym wektorem błedów, szybciej też "mieli" dane i dopasowuje model do danych (wolne działanie w środowisku Windowsowym było zawsze jego słabą stroną). Poprawiono też dokumenty dołączone do pakietu (szczególnie "Course Notes"). Polecam pakiet wszystkim, którzy celują w złożone modele genetyki ilościowej i szukają alternatywy dla REMLa!


pozdrawiam
Szymek

--
Szymon Drobniak
Group of Population Ecology, Institute of Environmental Sciences
Jagiellonian University
ul. Gronostajowa 7, 30-387 Kraków, POLAND
tel.: +48 12 664 52 19 fax: +48 12 664 69 12

www.eko.uj.edu.pl/drobniak

środa, 11 sierpnia 2010

ktoś tu jednak zagląda...poza mną :o)

Dla bloga są prowadzone statystyki z wykorzystaniem modułu Google Analytics. Jak widać ktoś tu jednak zagląda (te wejścia z Warszawy to nie moje, bo ja siedzę nad Odrą i na tej mapie, nie wiem dlaczego, tego nie widać).
Dotychczas strona ma 254 odsłony zrealizowane przez 24 użytkowników.

michał żmihorski

wtorek, 10 sierpnia 2010

Jak modelowac rozmieszczenie organizmow?

Jak modelowac rozmieszczenie i liczebnosć organizmow? Jakie kryją się za tym problemy? Jakie mamy do tego narzędzia analityczne? Nieco swiatła rzuca na to poniższy, dosyć ciekawy, przegląd w Ann. Rev. Ecol. Evol. Syst.
 
 
Pozdrawiam
skorka

 

czwartek, 5 sierpnia 2010

Analiza mocy czy 95% CI dla effect size?

Colegrave N, Ruxton GD 2003 Confidence intervals are a more useful complement to nonsignificant tests than are power calculations BEHAVIORAL ECOLOGY

Już niezbyt świeża, ale jak dla mnie super praca. Autorzy pokazują jak z 95% przedziału ufności dla effect size przy nieistotnych wynikach (czyli 95% CI obejmuje 0) można wyprowadzać fajne wnioski, lepsze niż te z analizy mocy!

cały pdf tutaj
pozdr
michał żmihorski

niedziela, 1 sierpnia 2010

Granty europejskie...

Europejska Rada Badań (European Research Council – ERC) ogłosiła konkursy na projekty Programu „Pomysły” (IDEAS) dla początkujących naukowców (Starting Grants) i doświadczonych naukowców (Advanced Grants). Łączny budżet wyniesie 1,32 mld €.

więcej informacji:

krajowy punkt kontaktowy:
http://www.kpk.gov.pl/index.html

ulotka dotycząca grantów:
http://www.kpk.gov.pl/pliki/11138/ideas-ulotka.pdf

informacje na stronie komisji europejskiej:
http://cordis.europa.eu/fp7/dc/index.cfm

poniedziałek, 26 lipca 2010

oknowki a intencja obserwatora

ostatnio coraz czesciej patrzymy na zwierzeta nie jak na czarne skrzynki, ale takie cusie co potrafia nawet wyczuc o co chodzi obserwatorowi... okazalo sie, ze oknowki widza kiedy je ktos obserwuje a kiedy patrzy sobie obok.. ot ciekawostka i to wykonana w Polsce. Wiecej w Journal of Ethology - praca w early on-line:
http://www.springerlink.com/content/u724610424113160/?p=a6095cb2f8204a0a90772cfbec947a56&pi=1

PT

--
Prof. dr hab. Piotr Tryjanowski

Instytut Zoologii
Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu
Wojska Polskiego 71 C
60-625 Poznań

Institute of Zoology
Poznan University of Life Sciences
Wojska Polskiego 71 C
60-625 Poznań
Poland

http://www.zoologia.up.poznan.pl/?q=pl/node/5